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建物の登記は現況主義ですので、登記することは可能です。しかし、登記できたとしても、建築基準法に適合しなければ違法建築物になります。
　この場合、事前に建築基準法に適合しているかどうか検討する必要があります。もし適合していれば、建物の設計変更の届けを出さなければなりません。その上で登記するとよいでしょう。
　建築基準法に適合していない場合は、改修しなければならないこともあります。さらに、住宅金融公庫等の融資を受ける場合は、面積の制限に抵触することもあり融資を受けられなくなることもありますから注意が必要です。